Als die SA-Führung eine ‚zweite Revolution‘ und ein NS-Volksheer forderte, nahmen die Spannungen zwischen Staat und Partei zu. Da Hitler das Militär und die Funktionseliten des Staates für seine Pläne brauchte, ließ er am 30. Juni 1934 die Führung der SA und weitere Gegner des Regimes liquidieren. Das am 3. Juli erlassene Gesetz über Maßnahmen der Staatsnotwehr deklarierte die Mordaktion als rechtens. Schmitt kommentierte es in der nächsten Ausgabe der Deutschen Juristen-Zeitung mit dem Artikel Der Führer schützt das Recht. Die Morde an den SA-Führern rechtfertigte Schmitt, in dem er Hitler als höchste Rechtsquelle hinstellte, der im Augenblick der Gefahr unmittelbares Recht geschaffen habe, gleichzeitig gäbe es aber keine Legalisierung von Sonderaktionen zur Begleichung alter Rechnungen, die strengstens bestraft werden müssten, was auf die Morde an Schleicher, Edgar Julius Jung u.a. zielte, mit denen Schmitt zusammengearbeitet hatte. Im Ausland waren die Reaktionen heftig und intern nutzten Schmitts Gegner, seine herausragende Stellung zu untergraben. Bemerkenswert war die Reaktion von Schmitts Freund Ernst Jünger, der ihn schon vor Illusionen zum Einfluss von Görings Staatsrat durch einen Hinweis auf Napoleons unwichtigen Staatsrat gewarnt hatte und nun die ironische Frage stellte, ob er im Kellerfenster seines Hauses eine MG installiert habe. Schmitt begann mehr programmatische und organisatorische Schwerpunkte zu setzen, weniger verfassungsrechtlich einhegende, die er jetzt für obsolet hielt. Zwischen seinen Lehrveranstaltungen, Vortragsreisen und dem Ausbau seiner Machtposition in der Akademie für deutsches Recht und als wissenschaftlicher Berater im Institut für Völkerrecht der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft suchte er wie schon in den 20er Jahren Erholung im Sauerland. Seine Vorträge und Aufsätze bewegten sich nun um den Rechtstaatsbegriff, dem er den Gerechtigkeitsstaat des NS entgegenstellte, der ein ‚unmittelbarer gerechter Staat‘ sei, und um Themen wie Nationalsozialismus und Völkerrecht.
In dieser Zeit schloss er sich politisch wie privat besonders eng an Reichsjustizkommissar Frank an, dessen Einfluss in der NS-Hierarchie allerdings begrenzt war. Gegen Ende des Jahres 1934 musste Schmitt eine erste Niederlage hinnehmen, als er als Leiter der BNSDJ-Reichsfachgruppe Hochschullehrer auf der von ihm organisierten Tagung Vorschläge für eine Studienordnung mit Kollegen entwarf, die der anwesende Referent, Schmitts früherer Kollege Karl August Eckhardt, seitens des Reichsministeriums für Wissenschaft, Erziehung und Volksbildung ablehnte. Dass sich Zweifel an der Loyalität Schmitts gegenüber dem NS-Regime mehrten, lag nicht nur an den sog. Alten Kämpfern, die dem ‚Märzgefallenen‘ von Beginn an misstrauten, sondern zunehmend an Gegnern in der SS. Das zeigte sich im Januar 1935. General von Fritsch, Chef der Heeresleitung, hatte Schmitt zu einem Vortag vor Offizieren zur Legalität eines Staatstreiches in das Reichswehrministerium eingeladen. Himmler hatte Fritsch, der Schmitt persönlich nicht kannte, daraufhin die Absicht eines Putsches unterstellt, Göring schenkte dem Glauben und Schmitt wurde am Tag des Vortrags ausgeladen, stattdessen sprach Himmler.
Zum Nürnberger Parteitag im September 1935, auf dem die sog. Rassegesetze zur Diskriminierung der Juden beschlossen wurde, verfasste Schmitt in der Deutschen Juristen-Zeitung den Artikel Die Verfassung der Freiheit, in dem er die Rassepolitik der Regierung rechtfertigte, die er als einen Kompromiss zwischen den radikalen Forderungen der Partei und dem hinhaltenden Widerstand der Ministerialbürokratie bei der Definition von „Jude“ darstellte. Auf der Tagung der International Law Association sprach Schmitt Ende November über das Thema Die NS-Gesetzgebung und den Vorbehalt des ordre public, in dem er am Beispiel des Eherechts Konsequenzen für das internationale Privatrecht durch Anwendung der gerade verabschiedete Rassegesetzgebung erörterte.
Die Organisation des Juristentages 1936 führte Anfang des Jahres zur Auseinandersetzung und Bruch mit Eckhardt und dem SD-Abteilungsleiter Reinhard Höhn, der Schmitt durch dessen Assistenten Herbert Gutjahr bespitzeln ließ.
Die SS hatte inzwischen wesentlichen Einfluss auf die jüngere Dozentenschaft als ‚neugermanischen Führernachwuchs‘ gewonnen und Schmitt als unzuverlässigen Karrieristen abgestempelt. Als Frank im April nach Rom reiste, fuhr auch Schmitt mit nach Italien und hielt Vorträge über Grundzüge des NS-Staates in Mailand und Rom. Dort wurde er in einer Privataudienz von Benito Mussolini empfangen, ein symbolischer Höhepunkt seiner Karriere in der Nähe der Macht. Im Mai fand dann der zweite große NS-Juristentag in Leipzig statt, mit einiger NS-Prominenz wie Goebbels, Gürtner und Heß; hier hielt Schmitt als Organisator keinen großen Vortrag mehr. Seine Machtstellung als Reichsfachgruppenleiter war so geschwächt, dass er in den nächsten sechs Monaten um sein politisches Überleben kämpfen musste. Sein oft schroffes Auftreten in dieser Zeit verprellte sogar enge Vertraute. Als im Stab des Stellvertreters des Führers anlässlich des Nürnberger Parteitags im September 1936 erwogen wurde, Justizminister Gürtner durch Frank zu ersetzen, mit der Möglichkeit, dass dann Schmitt Staatssekretär werden könnte, begann die SS, den Sturz von Schmitt zu planen, der die SS inzwischen offen als seinen weltanschaulichen Gegner bezeichnete.